Nessuna notizia certa esiste circa la data di fondazione di S. Marco: le sue origini sono avvolte nel mistero e nel silenzio più profondi. Un'antica tradizione racconta che nel 1228 Federico II, capo supremo della sesta crociata, dopo la presa di Gerusalemme, liberò molti cristiani fatti prigionieri nelle crociate precedenti; parecchi di essi seguirono il re in Puglia, e, con il suo permesso, si fermarono sulla collina dove ora sorge il paese, costruendo, oltre alle proprie abitazioni, anche una chiesetta dedicata all'evangelista San Marco. Tuttavia, i primi documenti1 in cui si fa riferimento a San Marco, e precisamente al suo castello, risalgono agli anni 1241-1246, periodo della dominazione sveva sotto l’imperatore Federico II, e portano a ritenere  che il borgo fosse già esistente da qualche secolo. S. Marco durante le dominazioni normanna (fino al 1189) e sveva (1189-1266) godette di alcune libertà e di una certa autonomia fino all’avvento degli Angioini (1266), che lo trasformarono in un feudo.
Anche durante il periodo aragonese San Marco continuò a rimanere un feudo fino al 1637, anno in cui fu elevato a ducato e Francesco Gaetani d’Aragona fu nominato primo Duca di San Marco. Il ducato venne poi ereditato dalla famiglia Pignatelli di Napoli, che lo mantenne fino al 1821.